Latindex funciona sobre la base de la cooperación regional a través de una institución responsable en cada país participante. La coordinación general del sistema reside en el Departamento de Bibliografía Latinoamericana, Subdirección de Servicios de Información Especializada, Dirección General de Bibliotecas (DGB) de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM). El soporte informático, desarrollo del sitio web y del sistema de ingreso de datos en línea está a cargo de la Dirección General de Cómputo y de Tecnologías de la Información y Comunicación de la propia UNAM. La relación de instituciones actualmente asociadas, según el año de incorporación a Latindex es la siguiente:

1997-

Brasil
Instituto Brasileño de Información en Ciencia y Tecnología (IBICT)
Cuba
Instituto de Información Científica y Tecnológica (IDICT)
México
Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM)
Venezuela
Instituto Venezolano de Información Científica. Hoy la institución responsable es el Ministerio del Poder
Popular para Ciencia y Tecnología

1998-

Argentina
Centro Argentino de Información Científica y Tecnológica (CAICyT)
Chile
Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica (CONICyT)
España
Centro de Información y Documentación (CINDOC) hoy Instituto de Estudios Documentales sobre Ciencia
y Tecnología

1999-

Colombia
Instituto Colombiano para el Desarrollo de la Ciencia y la Tecnología "Francisco José de Caldas" (COLCIENCIAS)
Portugal
Ministerio de Ciencia y Enseñanza Superior
Puerto Rico
Universidad de Puerto Rico

2001-

Ecuador
Fundación para la Ciencia y la Tecnología (2001-2009); Secretaría Nacional de Ciencia y Tecnología (2010)

2002-

Costa Rica
Universidad de Costa Rica
Uruguay Universidad de la República(Desde 2010)
Dirección Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación (DINACYT). 2002-2006

2003-

Perú
Centro Nacional de Documentación Científica y Tecnológica

2004-

Bolivia
Viceministerio de Ciencia y Tecnología (Desde 2009)
Universidad Mayor de San Andrés (2003-2007)

2005-

Francia
Red  Europea de Información y Documentación sobre América Latina (REDIAL)
Panamá
Universidad de Panamá
República Dominicana
Universidad APEC (UNAPEC)

2006-

Guatemala
Universidad de San Carlos de Guatemala

2009-

Nicaragua
Universidad Nacional Agraria

2010-

Honduras
Universidad Nacional Autónoma de Honduras

2011-

El Salvador
Universidad Tecnológica de El Salvador
Paraguay
Universidad Nacional de Itapúa

Reuniones técnicas
El Sistema Latindex organizada anualmente una reunión técnica con el objetivo de revisar el trabajo realizado y dar seguimiento a proyectos de desarrollo y cooperación internacional. Asimismo, para conocer y discutir planes futuros para el sistema. Desde 1997 a la fecha se han celebrado un total de 17 reuniones técnicas en los diversos países participantes:

• Universidad Nacional Autónoma de México, Ciudad de México, 17 y 18 de febrero de 1997.
• Instituto de Información Científica y Técnica. La Habana, Cuba. 15 y 16 de octubre de 1997.
• Universidad Nacional Autónoma de México. Guadalajara, México. 30 de noviembre y 1º. de diciembre de 1997.
• Universidad Nacional Autónoma de México, Ciudad de México, 26 al 28 de agosto de 1998.
• Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y tecnológicas (CONICIT). Caracas, Venezuela. 28 al 30 de noviembre de 1999.
• Fundação para a Ciência e a Tecnologia. Lisboa, Portugal, 14 al 16 de febrero de 2001.
• Centro Argentino de Información Científica y Tecnológica (CAICYT). Buenos Aires, Argentina, 25 al 27 de noviembre de 2001.
• Universidad de Puerto Rico, San Juan, 10 al 13 de septiembre de 2002.
• Consejo Superior de Investigaciones Científicas, Madrid, España. 6 y 7 de octubre de 2003.
Universidad de Costa Rica, San José, 18 al 20 de octubre de 2004.
• Universidad Mayor de San Andrés, La Paz, Bolivia. 9 al 11 de noviembre de 2005.
• Universidad Nacional Autónoma de México, México, D.F., 18 al 20 de octubre de 2006.
• Centro Argentino de Información Científica y Tecnológica (CAICYT), Buenos Aires, Argentina, 4 al 6 de octubre de 2007.
• Universidad de Panamá, Ciudad de Panamá, 10 al 12 de septiembre de 2008.
• Universidad de Costa Rica, San José, 8 al 10 de octubre de 2009.
• Universidad Nacional Agraria de Nicaragua, Managua, Nicaragua, 18 al 22 de octubre de 2010.
• Universidad APEC, Santo Domingo, República Dominicana, 19 al 23 de septiembre de 2011